真空消除了空气碰撞与氧化背景，离子从样品直接飞向分析器、传输效率高、轨迹可控，因而信噪比与质量精度更优。这对弱信号分子与高分辨成像尤为关键。
此外真空下无常压气流扰动，像素间一致性更好，利于定量成像。这是真空源在分辨率上常优于常压源的根本原因。
真空 MALDI（尤其 t-MALDI）可达亚微米至微米级，适合蛋白/肽/脂质成像；TOF-SIMS 借聚焦离子束可达亚微米乃至纳米级，擅长表面元素/小分子与高分辨成像。二者是真空高分辨的支柱。
代价是样品需进入真空腔，带来进样、抽真空、尺寸限制与导电处理（如 TOF-SIMS 需导电载玻片）等更苛刻的前处理。
常压源（DESI、LDPI、DPI、AP-SMALDI）操作灵活、前处理少、可原位活体采样，但背景相对高、分辨率通常处微米至数十微米。真空源反之：背景低、分辨率高，但流程更重。
二者按“分辨率 vs 灵活度”分工，并非替代；实际项目常以常压源做快速筛查、真空源做高分辨确认，或按样品状态二选一。
对亚细胞、元素/小分子、极致背景控制需求，优先真空 MALDI/TOF-SIMS；对常压、免基质、原位短链路需求，优先 LDPI/DPI/DESI。导电载玻片等真空前处理应纳入 SOP。
无论哪种，数据均以 imzML 等标准格式交换，并在 SCiLS Lab、MetaboScape 中可视化，保证分析链一致。
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