主流路线是连续切片法：把样本（组织、药材、材料）按固定层厚切成一系列切片，对每一片做 MSI，再把各层图像按空间坐标配准堆叠，重建三维体数据。也可结合多通道/旋转采集。层厚越小，三维重建越精细，但数据量与耗时也越大。
新策源 MSI DPI 的 20–200 μm 分辨率可调、免基质、即取即测，适配连续切片的高通量需求；MSI LDPI 的 2–3 μm 免标记常压成像则可提供更高层间分辨率的 3D 重建。
一是层厚与配准：切片需厚度一致、坐标可对应，否则重建会错位；二是前处理一致性：每层都应采用相同制备，避免层间偏差；三是数据量管理：3D 体数据远大于单张切片，需要合理的存储、降维与可视化。
免前处理在此尤为关键：新策源两款成像源免基质，省去喷涂、优化、等待步骤，使连续切片的大量样本能更快、更稳定地跑完，减少层间人为差异。
3D MSI 可用于：肿瘤球或组织内药物/代谢物的立体分布、药材内部活性成分的三维定位、材料内部掺杂或涂层的空间结构、发育或病程中分子分布的动态变化。它把「切面结论」升级为「立体结论」，更接近真实生物或材料结构。
新策源 DPI 应用说明把代谢组学、病理学诊断、植物代谢、工业领域等列为方向，3D 思路可叠加于这些二维应用之上，形成更完整的空间叙事。
3D MSI 对切片质量、配准算法与计算资源要求较高，结论需结合组织学、显微等互补验证。其价值在于提供「三维分子空间」这一独特维度。
工程上，新策源两款成像源适配 Agilent / AB SCIEX / Thermo 主流质谱主机，提供自研钛合金离子传输管、前端不损伤样品、可拆洗维护，使 3D MSI 能够稳定、可重复地开展。
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