MSI 有专业数据库吗？

有。HMDB、METLIN、MassBank 提供化合物精确质量与碎片；LIPID MAPS、SwissLipids 专注脂质；METASPACE 是成像注释云平台。

METASPACE 是干什么的？

它是 MSI 注释云平台，把采集数据映射到公共代谢物数据库，自动给出空间注释，降低小分子注释门槛。

不能。注释是候选，同分异构与加合歧义会造成误判，关键分子需标准品或 MS/MS 验证。

可以。空间组学资源支持把 MSI 与转录/蛋白模态在组织坐标上叠加，从单模态走向多组学整合。

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有。质谱成像的「峰」只是 m/z 数字，要变成「这是什么分子」离不开数据库。从通用代谢物/脂质库到空间组学注释平台，专业数据库是 MSI 结果可解释的前提。它们与成像软件（如 METASPACE）配合，把 m/z 映射到分子身份。

本文目录
一、通用代谢物与脂质数据库二、成像专属注释平台三、空间组学与多组学配准资源四、使用建议与局限

质谱成像有没有专业的数据库？示意图

HMDB（人类代谢组数据库）、METLIN、MassBank，以及脂质专项库（LIPID MAPS、SwissLipids）提供化合物精确质量、加合离子与碎片信息，是 MSI 峰注释的底层依据。

这些库覆盖广、更新活跃，配合高分辨精确质量与串联质谱碎片，可将未知 m/z 候选缩小到少数化合物，是注释工作的第一步。

METASPACE 是目前最具代表性的 MSI 注释云平台：它把采集数据映射到公共代谢物数据库，自动给出空间注释结果，大幅降低小分子注释门槛。

这类平台的优势是把「数据库 + 统计 + 可视化」打包，使非质谱背景的研究者也能得到可解释的注释图，但仍需人工核对候选与组织学合理性。

随着空间转录组、空间蛋白组兴起，出现了把 MSI 与这些模态配准的需求。相关资源包括在组织坐标上叠加代谢、转录、蛋白信息的分析流程与参考数据集。

这类资源帮助回答「某代谢物富集区是否对应某基因/蛋白高表达区」，使 MSI 从单模态走向多组学整合，是空间生物学的前沿方向。

数据库注释是「候选」而非「确证」：同分异构体、加合离子歧义、组织基质效应都会造成误注释，关键结论需经标准品或 MS/MS 验证。

实务建议：先用 HMDB/METLIN/LIPID MAPS 做候选，再用 METASPACE 类平台批量注释，最后对关键分子用串联质谱或标准品确证，并把图像与 H&E 配准确认其组织学位置。

MSI 有专业数据库吗？: 有。HMDB、METLIN、MassBank 提供化合物精确质量与碎片；LIPID MAPS、SwissLipids 专注脂质；METASPACE 是成像注释云平台。
METASPACE 是干什么的？: 它是 MSI 注释云平台，把采集数据映射到公共代谢物数据库，自动给出空间注释，降低小分子注释门槛。
数据库注释能当结论吗？: 不能。注释是候选，同分异构与加合歧义会造成误判，关键分子需标准品或 MS/MS 验证。
MSI 能和空间转录组配准吗？: 可以。空间组学资源支持把 MSI 与转录/蛋白模态在组织坐标上叠加，从单模态走向多组学整合。

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