技术科普 · 质谱成像

SCiLS Lab 质谱成像分析软件

SCiLS Lab 是面向质谱成像的数据分析软件,提供离子图可视化、区域统计、分类建模与多样本比对,广泛应用于 MALDI 等成像平台的数据解读。
本文目录
核心能力:可视化与定量与成像源的衔接工作流中的定位选型建议
技术原理示意:离子源对样品逐点电离 组织切片 样品 电离束 SCiLS Lab 质谱成像分析软件 离子 质谱 分析器
SCiLS Lab 质谱成像分析软件 示意图

核心能力:可视化与定量

SCiLS Lab 将逐点采集的成像谱重建为离子图(ion image),支持伪彩、叠加、谱图提取与区域 ROI 统计。用户可在组织形态上直接读取分子空间分布与相对强度。

其统计模块支持区域间比较、差异离子筛选与基本分类,帮助从描述性成像推进到组间差异分析,衔接空间生物学与临床诊断探索。

与成像源的衔接

软件可导入 MALDI(含透射模式、AP-SMALDI)、DESI、LDPI 等源产生的数据,并以标准格式(imzML)交换。对常压免基质源(LDPI/DPI)的数据,同样按 m/z 重建离子图与统计。

多样本管理能力使其适合队列研究:可将多个组织切片对齐到共同坐标框架,进行批次比较与一致特征提取。

工作流中的定位

SCiLS Lab 通常处于成像链的“数据后处理”环节:前端由成像源采集,后端由软件完成注释、可视化与统计,结果可与 H&E/IHC 形态图像配准。

它与 MetaboScape、MSiReader 功能互补,均在 imzML 生态内交换数据;选型取决于平台绑定、统计深度与用户习惯。

选型建议

若已在 MALDI 生态或使用配套厂商平台,SCiLS Lab 是顺滑选择;若使用 Orbitrap/Q-TOF 等其他分析器,需确认导入兼容性。对免基质常压成像(LDPI/DPI)用户,以 imzML 兼容为优先确保数据可被处理。

建议将软件纳入标准成像 SOP:统一格式导出、统一配准流程,以保证多项目间结果可比。

常见问题(FAQ)

SCiLS Lab 主要做什么?
是质谱成像数据分析软件,提供离子图可视化、区域统计、分类建模与多样本比对,常用于 MALDI 等平台的数据解读。
它支持哪些成像源数据?
可导入 MALDI(含透射、AP-SMALDI)、DESI、LDPI 等源数据,并以 imzML 标准格式交换;常压免基质源数据同样可重建离子图。
SCiLS Lab 和 MetaboScape 怎么选?
二者功能重叠;SCiLS Lab 常见于 MALDI 生态、强在多样本比对与可视化,MetaboScape 偏代谢组学特征提取。按平台绑定与习惯选择,数据均可在 imzML 内交换。
使用 SCiLS Lab 需要什么格式?
支持厂商格式与 imzML 等标准交换格式,具体取决于版本,建议确认所用分析器兼容性。

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