离体提取-液相质谱虽灵敏，却将组织匀浆、丢失空间信息，只能得到整体平均浓度。原位质谱成像逐点采样，每个像素携带坐标，从而重建分子的空间分布图，揭示异质性（如肿瘤边缘与中心的代谢差异）。
这种“保位”能力使质谱成像在组织分区、病灶边界、药物渗透梯度等研究中不可替代；它回答的是“分布”问题，而非单纯“含量”问题。
原位分析依赖三个环节协同：样品制备保真（冷冻切片、避免分子迁移）、成像源在原始位置采样（激光/喷雾/离子束逐点扫描）、以及坐标配准（与组织学图像对齐）。任一环节失真都会破坏空间保真。
常压无标记源（LDPI、DPI、DESI）可在开放环境下原位采样，减少转移步骤；真空源（MALDI、TOF-SIMS）则需样品进入腔体，但只要前处理得当，同样实现原位成像。
原位质谱成像常与 H&E 染色、免疫组化（IHC）等形态学手段衔接：先以质谱获取分子图，再以染色获取形态注释，或将二者配准到同一坐标框架，实现“分子-形态”联合解读。
这要求样品制备兼容两种读出：冷冻切片、导电载玻片等前处理需兼顾质谱信号与后续染色质量，避免相互干扰。
若目标是获取分子空间分布（而非离体定量），应优先具备原位采样能力的成像源。对要求常压、免基质、快速原位的场景，LDPI/DPI 等源更直接；对高分辨亚细胞原位成像，则评估 TOF-SIMS、t-MALDI。
无论哪种源，原位价值的充分发挥都依赖稳定的前处理与配准流程，单纯硬件分辨率并不能保证空间保真。
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