MALDI 成像擅长在组织尺度呈现蛋白、多肽、脂质与糖类的空间分布，对肿瘤边界识别、分子分型与候选药组织分布研究尤为常用。其高通量（TOF 快采集）与宽质量覆盖利于多分子共定位。
常用基质各有侧重：DHB 常用于脂质与代谢物、背景相对可控；CHCA 常用于蛋白与多肽。基质选择需结合目标分子质量区与背景表现反复优化。
标准 workflow 包括冷冻/石蜡切片、基质喷涂与共结晶、栅格扫描采集、图像重构与统计分析。SCiLS Lab、MetaboScape、MSiReader 等软件用于对齐、重构与差异分析，imzML 作为跨平台通用格式。
软件与格式的标准化使 MALDI 成像结果可在不同平台间交换，也便于与免基质源（如 LDPI）数据做并排比较，支撑多源互补研究。
MALDI 在蛋白/多肽/脂质大覆盖上优势明显，但基质对小分子的低质量区干扰使其与药物/代谢物成像互补。免基质常压源（如 LDPI）恰好补足这一短板。
对同时关注大分子与小分子的研究，常采用「MALDI + LDPI」组合：前者看大覆盖、后者看小分子低背景，在同一批样本上获得更完整的分子图景。
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