细胞约 10–20 μm，要分辨单个细胞至少需要数微米步长；2–3 μm（LDPI）可达到每个细胞多像素，从而刻画细胞内梯度。
分辨率是否达标直接决定能否回答单细胞问题，详见 空间分辨率。
LDPI 2–3 μm 免基质、低背景，是当前小分子单细胞成像的代表路线；SIMS 纳米级可看亚细胞元素；单细胞源选型 一节按分子类型给建议。
若目标是代谢/药物单细胞分布，LDPI 最对口。
DESI 与常规 MALDI 光斑数十微米，一像素跨多个细胞，只能看组织均值而非单细胞。
这不是参数问题，而是机制决定的分辨率上限。
除源分辨率，还需同尺度切片与步长（见 切片厚度），以及单细胞 segmentation 分析。
若主机为既有质谱，可走 外接模块化 获得单细胞能力。
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