新鲜或灌流组织先液氮/干冻固定，OCT 包埋后切 10–20 μm 薄片贴附载玻片；MALDI 路线随后均匀 喷涂基质，DESI 与 LDPI 等常压免基质源直接上机。
关键是固定要及时，防止代谢物在死亡后扩散，破坏空间真实性；切片厚度与扫描步长需匹配（见 切片厚度）。
血液可涂片、干燥血斑或分离血细胞/血浆后点样成膜；尿液多经挥干、冻干或基底富集后分析。目标是把液体转化为可空间分辨的薄层，同时保留代谢/药物分布信息。
体液样品空间信息较弱（多为均质），成像 价值常在 fingerprint 式分布或沉积定位；若关注器官分布，仍以组织切片为主。
叶片可整片夹取或横/纵切后分析，关注次生代谢物（如酚类、生物碱）在空间上的积累梯度。植物细胞壁厚、基质复杂，MALDI 基质穿透与 DESI 解吸参数需针对组织优化。
植物研究常与 植物质谱成像 专题联动，可在物种、组织部位与发育阶段维度上设计前处理。
统一固定方式、切片厚度、存储温度与（如适用）基质 工艺；每批设溶剂/空白对照，记录冻融次数。
前处理是决定 成像 数据可信度的第一步，方法学固定与批间一致比单次漂亮图像更重要。
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