SIMS 用聚焦的一次离子束（如 Ga+、Bi3+ 团簇）轰击样品，束斑可聚焦到纳米级，每个轰击点即一个像素，因此天然具备纳米空间分辨。MALDI 用激光斑照射，光斑尺寸限制了像素尺度，常规在数微米以上。
新策源 LDPI 用聚焦激光达到 2–3 μm，虽远优于常规 MALDI，但仍属微米级；真正进入纳米尺度只能靠 SIMS 的离子束聚焦。
SIMS 是硬电离，一次离子轰击使分子溅射并碎裂，擅长元素、脂质、代谢物与表面化学，但大分子（蛋白/多肽）易碎裂、信号复杂。MALDI 是软电离，基质辅助下完整保留大分子，擅长蛋白/多肽成像。
因此分辨率与分子覆盖存在权衡：SIMS 赢在纳米分辨但有碎裂；MALDI 赢在完整大分子但分辨率受限。需按「要看什么分子、要多细」来选。
SIMS 必须在超高真空中工作，样品制备要求高（常需冷冻、导电处理），前处理与设备门槛高。MALDI 也需真空但相对成熟，基质喷涂是主要步骤。
对大多数生物组织代谢/药物成像，常压免基质源（LDPI/DPI/DESI）以更低门槛覆盖微米至单细胞尺度；只有当研究真正需要纳米级（如细胞器、脂质筏、材料表面）时才上 SIMS。
三者常在同一课题中互补：用 SIMS 看纳米级脂质/元素分布，用 MALDI 看蛋白/多肽，用 LDPI/DESI 看常压免基质小分子代谢，再与电子显微镜或 H&E 配准。
分辨率不是越高越好，而是「够用且可解释」。多数组织代谢与药物分布研究在 2–3 μm（LDPI）至数十微米（DESI/DPI）已能回答科学问题，纳米级留给真正的亚细胞机制研究。
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