MSI 逐点采集,每个像素的电离效率受局部基质、表面形貌、盐含量影响,难以像 LC-MS 那样用一致的溶液环境做绝对校准,因此同一个 m/z 在不同像素的强度更多反映相对丰度而非绝对浓度。
换言之,MSI 擅长「A 区比 B 区信号高」这类相对结论,而「A 区浓度恰好是 12.3 ng/mg」则需要额外校正。这正是「看分布」与「测浓度」的本质区别。
绝对定量需引入内标(如同位素标记 analyte)并匹配组织基质效应,构建像素级的校正曲线;常用策略包括加入均匀内标层、用相邻匀浆 LC-MS 做锚定、或定量标准品嵌入切片。
即便如此,组织异质性、电离抑制与扫描漂移都会引入误差,绝对定量 MSI 多用于方法学成熟的内部标准场景(如药代动力学),而非随意套用。
在空间生物学中,绝大多数科学问题(靶部位富集、肿瘤 vs 癌旁、代谢异质性)并不需要绝对浓度,而是需要可信的相对分布与组间差异,这恰是 MSI 的强项。
新药研发中,MSI 常与 LC-MS 匀浆定量互补:LC-MS 给出整体暴露量(绝对定量),MSI 给出空间定位(相对分布),二者结合才能既知「多少」又知「在哪」。
若只需分布与差异 → 半定量即可,重点做好归一化与配准;若必须绝对定量 → 设计内标与校正实验、做方法学验证、并尽量用 LC-MS 锚定。
无论哪种定量,都需把分子图像与 H&E/免疫组化配准,才能把「信号高低」翻译成「组织学意义」。新策源 LDPI/DPI 的免基质常压路线降低了前处理变量,有助于提升定量的可重复性。
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