MRI/PET 提供解剖与功能影像，但几乎不区分分子种类；IHC 能精确定位某一种已知蛋白，却一次只看一两个靶标。MSI 在每一个像素上采集一张质谱，理论上可同时呈现数百至数千种代谢物、脂质、药物与多肽的空间分布。
这意味着 MSI 是「无假设」的：你不必事先猜哪种分子重要，而是让数据告诉你哪些分子在特定区域富集。这是它与 IHC「先有假说、再看一个靶」的根本不同。
MRI/PET 覆盖全器官、宏观尺度；IHC 在亚细胞尺度看蛋白定位；MSI 介于两者之间，从组织尺度（DESI/DPI 数十至数百微米）到单细胞尺度（LDPI 2–3 μm）都可覆盖。
新策源 LDPI 以 2–3 μm 把 MSI 推进到单细胞/亚细胞化学空间，使「分子分布」与「细胞类型」可在同一尺度对话，这是传统宏观影像做不到的。
MSI 的短板是通常不直接给出蛋白序列或基因表达，且需要组织切片。因此它常与 MRI/PET（宏观定位）、IHC/免疫荧光（已知靶标验证）联合：用 MSI 发现差异分子，用 IHC 验证靶标，用 MRI 看整体病灶。
三者配准后形成「宏观—分子—靶标」三级证据链。在肿瘤研究中，这种组合已被用于发现新的分子标志物并验证其组织学定位。
当你需要「发现」未知差异分子（如药物代谢异质性、肿瘤代谢重编程）→ MSI；当需要宏观分期/功能 → MRI/PET；当需要验证已知靶标 → IHC。
选择依据不是「谁更好」，而是「问题在哪一层」。MSI 的独特价值在于把组学级分子信息叠加到空间坐标上，这是传统影像学无法替代的。
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