IHC 依赖特异性抗体，一次实验通常标记一种或少数几种蛋白，提供高特异性的空间定位；但它受抗体可用性与交叉反应限制，且需标记前处理（固定、通透、孵育），可能扰动分子分布。
与之相对，质谱成像无标记、可同时观测数百至数千种分子，但单分子特异性弱于抗体。二者优势互补：质谱做广域发现，IHC 做靶向确证。
常见做法是相邻/连续切片分别进行质谱成像与 IHC，再经形态配准对齐；或先质谱后在同一/邻接切片染色。关键是保证切片标准化与坐标共享，使离子图与 IHC 图可叠加解读。
对免基质常压源（LDPI、DPI、DESI），切片后先成像再染色的短链路更不易扰动；对 MALDI，需避免基质与染色交叉污染。
当质谱发现某分子在特定区域富集，IHC 可用独立原理（抗原-抗体）验证该蛋白的确位于此，增强结论可信度，尤其对生物标志物探索与临床衔接有价值。
反过来，IHC 发现的靶标也可回指质谱进行无偏验证或定量趋势确认，形成双向证据。建议在研究设计中预留 IHC 验证环节。
H&E 提供广义形态分区，IHC 提供特定蛋白定位，质谱提供无偏分子图，三者构成多层注释体系。配准后可在 SCiLS Lab、MetaboScape 中叠加解读，支撑区域差异分析。
将“连续切片 + 标准配准”写入 SOP，可保证分子、形态、靶向三层注释的可比与可复现。
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