通常以“像素/秒”或完成某视野所需总时长表示。它与单像素驻留时间（激光/离子脉冲数×重复频率）、扫描机构运动速度共同决定：驻留越久信号越稳，但总时长越长。
对逐点成像，扫描速度并非越快越好——需在“足够信号”与“可接受时长”之间取平衡，尤其对低丰度分子需更长驻留。
源层面：激光/离子束重复频率、脉冲能量；检测层面：分析器采集速度（TOF 快、Orbitrap 受注入周期限制）；机械层面：位移台速度、加减速与定位精度；样品层面：所需信噪比决定驻留。
高分辨分析器（如 Orbitrap）的逐点吞吐通常低于 TOF，这是 Q-TOF 在快速成像中常被选用的原因；常压源（LDPI/DPI/DESI）的扫描速度还受喷雾/光化学稳定性影响。
视野越大、分辨率越高（像素越多），总采样量指数增长。例如将步长减半使像素数变为四倍，总时长近似四倍——除非同步提升扫描速度。因此分辨率提升常伴随时长代价。
工程上常以“先低分辨快筛、再高分辨定点”的两级策略控制总时长，兼顾通量与细节。
优化方向包括提升源重复频率、采用更快分析器（TOF/Q-TOF）、并行多像素采样、以及按分子重要性分级驻留。对大队列研究，扫描速度直接影响可承受的样本量。
选型应结合视野、分辨率与可接受的单样本时长；对免基质常压源（LDPI/DPI），可将短前处理与合理扫描速度结合以提升整体效率。
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